Monthly Archives: januari 2011

Är alla DNA-test likvärdiga?

Hur pass säkra DNA-test är beror helt på vad man letar efter.
Sjukdomar är olika rent genetiskt och det beror på hur en sjukdom speficikt ser ut i DNA hur pass säkert testet är.

En sjukdom som uppstått via en mutation har en klar förändring i en specifik gen. När forskarna väl har hittat den muterade genen kan dom göra tester som tittar på just detta anlag och se om hunden är fri, bärare eller har anlaget i dubbel uppsättning (affected). Nu är det inte så enkelt som att bara för att man hittat en mutation som ger en viss sjukdom hos en ras att den mutationen finns i andra raser. Andra raser kan uppvisa samma symptom men det kan röra sig om andra anlag. Om flera raser har exakt samma mutation så beror det oftast på att dom har en gemensam historia långt bak i tiden.

I en numerärt stor ras som funnits vitt spridd över världen mycket länge kan den ursprungliga mutationen också ha muterat vidare. Ett test utvecklat för rasen i en världsdel kanske inte längre är helt applicerbar på populationen i en annan världsdel. I sådana fall måste man testa huruvida gentestet från ett annat land/världsdel fungerar på den egna populationen och om testet är användbart eller måste vidareutvecklas och anpassas.

För en så liten ras som Silken Windhounds där de första hundarna egentligen alldeles nyss kom från ursprungslandet så är det att betrakta som en enda population i detta avseende.
Det enda DNA-test som regelmässigt utförs på Silken Windhounds när det gäller sjukdomsanlag är testet för MDR1. MDR1 är just en mutation där anlaget är identiferat och därför lätt att hitta.

Sen finns det också så kallade markörtest. Då har man inte hittat exakt vilken del av DNA som är skurken i dramat men man ser vissa genetiska samband. Man letar då efter markörer som hör ihop med vissa sjukdomar. Dom här testerna är inte fullt lika säkra som de test där man vet exakt vilken mutation det rör sig om och där man vet exakt var i DNA man hittar den specifika informationen.

Ett DNA-test säger heller ingenting om när djuret kommer att insjukna om nu testet rör en sjukdom. MDR1 är ju ett defektanlag där drabbade hundar kan bli sjuka av vissa mediciner. Utsätts inte hunden för just dessa mediciner kommer den heller inte att få problem, d v s det är inte en sjukdom i sig som kommer att utvecklas hos hunden rätt vad det är. Totala motsatsen är ju då t ex en sjukdom som PRA (som aldrig har påvisats hos Silken Windhounds) där hunden kan födas till synes frisk men någon gång under livet utvecklar sjukdomen.

Ett gentest för sjukdomsanlag botar heller inte hunden. Men i långa loppet kan det vara användbart för att så att säga bota rasen genom att på sikt avla bort eller avsevärt minska förekomsten av ett visst anlag. För recessiva sjukdomar där det krävs dubbla anlag föra att sjukdomen ska manifisteras så kan man också hindra att det föds hundar som kommer att bli sjuka, även om man är långt ifrån att avla bort anlaget ur rasen. Man använder helt enkelt testresultaten i avelsurvalet så att man inte använder 2 föräldrar  som båda är bärare. Avkomman till en fri och en bärare kan bli bärare, men inte sjuk, inte om anlaget är recessivt och alltså kräver dubbla anlag.

Antalet sjukdomar som kan identiferas med genetiska tester ökar hela tiden i takt med ny forskning. Vi är dock långt ifrån att ha kartlagt allt och i synnerhet för  sjukdomar som beror på många samverkande anlag kommer det nog dröja väldigt länge innan nöjaktiga testmetoder finns.

Annonser

DNA-tester, testmetoder och deras tillförlitlighet

Blodtest eller swab (buccal test), vilket är bäst? Och är det någon skillnad i tillförlitlighet?

För blodtester så tittar man på de vita blodkropparna, dom innehåller DNA. De röda blodkropparna innehåller inget DNA alls. Swabtekniken innebär att du tar celler från munnens slemhinna. Samtliga celler innehåller DNA. Totalt sett får du med dig mer genetiskt material per cell vid ett test i munhålan än från ett blodprov.

Genetiskt material är genetiskt material oavsett om du tittar på vita blodkroppar eller celler från munhålan. Det är precis samma genetiska information så det finns ingen värdeskillnad mellan varifrån man tagit DNA. DNA-uppsättningen är identisk i hela kroppen, bortsett från extremfall som chimera.

Under förutsättning att proverna hanteras korrekt och inte kontamineras, så är båda metoderna precis lika säkra.

Det ska till exempel noteras att Statens Kriminaltekniska Laboratorium använder swabtests för referensprover vid identifiering, och endast swabtester. Och då pratar vi om tester som görs för att klara rättsprövning i svensk domstol.

Tittar man på AKC, Amerikanska Kennelklubben, så har dom t o m 31 december 2010 registrerat mer än 540.000 DNA-profiler. Man beställer testkit direkt från AKC och dom tillhandahåller – just det, swabs!

Men finns det inte för- och nackdelar med de olika testmetoderna?
Jo, men det har inte med testet i sig att göra, bara hur det hanteras.

Sannolikt är att ett blodtest (nu pratar vi hund…) görs av en veterinär och samma veterinär kan samtidigt avläsa hundens id-märkning, märka alla handlingar för DNA-testet och man är säker på att blodprovet kommer från rätt individ. Det är inte så troligt att hundägare tar blodprov på egen hand och dessutom är det nog ofta så att de test där man kräver just blod också kräver bevis på djurets identitet. Och då blir det att traska iväg till veterinären oavsett om man vill eller ej.

Att testa med swab (det är alltifrån tops, skumgummiliknande spatlar till swabs som ser ut som mascaraborstar) är något man kan göra själv. Det kräver ingen medicinsk kompetens att rulla runt en swab i munnen på en hund.  Självklart skickar man ALLTID flera swabs från samma djur så att man är säker på att det finns minst en swab som inte är kontaminerad och verkligen innehåller celler från kindens insida. Labpersonal säger att olika människor helt enkelt är olika skickliga på att ta ett swabtest 🙂

Nackdelen med att ta testet själv är att man då inte har någon opartisk instans som kan intyga att testet kommer från rätt djur. Om sådan bevisning är ett krav så är det ju i och för sig lätt att gå till veterinären i alla fall, och låta dom ta testet. Och då tillkommer naturligtvis en avgift till veterinären, även om dennes uppgift i detta fall var aldrig så enkel…

Börjar man spekulera i äktheten hos ett test, så kan vi ju titta just på Silken Windhounds. Vi använder swabs för såväl DNA-profiler som MDR1-test. Att försöka fuska med en DNA-profil är ju bara urbota dumt. Det avslöjar sig ju direkt, inte nog med att dom direkt kan avgöra att testdjuret har uppgivet kön, dom ser ju också direkt om proverna stämmer med föräldrarnas profil. Och i nästa generation måste avkommans DNA-profil stämma mot just den här hundens profil så att försöka fuska,  t ex med närbesläktade djur, det är att skjuta sig själv i foten tämligen rejält.

Det enda DNA-test som normalt görs på Silken Windhounds för att få status på sjukdomsanlag är MDR1-tester.
Till skillnad från DNA-profilen som endast görs av ett enda laboratorium, så står det varje ägare fritt att välja  vilket lab som helst i världen som utför MDR1-tester.
Dessa lab har inte tillgång till hundens DNA-profil och kan inte säkerställa hundens identitet, dom tittar bara på inkommet prov. Som då i praktiken kan komma från vilken hund som helst.

Problemet är att det rätt snart skulle avslöja sig om man på något sätt förfalskat ett test genom att testa en helt annan hund. Går hunden i avel så är det sannolikt att antingen avkomman eller dennes avkomma kommer att MDR1-testas och om man då får oväntade resultat som t ex bärare eller affected från föräldrar som förmodas vara fria – ja då är man avslöjad!
Just det att i princip alla Silken Windhounds testas gör att fel snart skulle bli uppenbara. I en ras där endast enstaka djur testas för ett visst sjukdomsanlag är bilden en annan, där skulle man kunna komma undan.

Men som sagt, det kan avhjälpas genom att låta en veterinär utföra provet.
Kort sagt, testmetoderna i sig är likvärdiga, det är hur man hanterar provtagningen där det skiljer sig och vilken tillförlitlighet på äkthet av den testade individens identitet man kräver.

En annan skillnad är priset, inte nog med att blodprovstagningen kostar pengar, allt som oftast kostar själva testet mer hos lab som kräver blodprov och inte godtar swabs. Det finns t ex ett forskningslabb i Tyskland som forskar på MDR1 på människor som utför tester även för hundar. Dom godtar bara blodprov – och tar betalt därefter…

Sen finns det säkert tester för vissa sjukdomsanlag som bara utförs av ett fåtal laboratorium där samtliga av någon anledning kräver blodprover, men det är en annan historia.

Värt att notera är att jämförelsevis lilla SKK (Svenska Kennelklubben) kräver att alla DNA-tester oavsett sort endast får göras via blodtest för att godkännas som giltiga. Trots att det betydligt större AKC t ex  godtar swabs, för att inte tala om rättsväsendet i de allra flesta länder när det gäller DNA och rättsfall 🙂

DNA-profil – vad är det för något?

Som bekant så DNA-testas alla Silken Windhounds som går i avel, det vill säga man gör ett test för att få fram deras DNA-profil.
Denna profil jämförs sedan med föräldrarnas profil, på det viset kan man säkerställa att hunden verkligen har de föräldrar som uppgivits vid registrering. En DNA-profil har ingenting att göra med eventuella sjukdomsanlag, det är helt andra DNA-tester som görs för sådana ändamål. DNA-profilen handlar alltså om att ta fram individens eget unika DNA, det som identifierar just denna individ.

Silken Windhounds registreras av ISWS, International Silken Windhound Society samt av Slovenska Kennelklubben.
Slovenska Kennelklubben är som kennelklubbar är mest – dom begär inte DNA-profil för registrering. Men det gör alltså ISWS. Det går inte att registrera valpar om inte båda föräldrarna är DNA-profilerade och kontrollerade mot sina föräldrar. Eftersom de Slovenska hundarna dubbelregisteras i ISWS så blir dom DNA-profilerade i alla fall, om dom ska användas i avel.

Alla valpar registreras först med ”limited registration”. Då är dom registrerade och har ett registreringsbevis men detta är inte giltigt för en avelshund, det går inte att registrera valpar efter en hund som enbart har den begränsade registreringen.

När en Silken Windhound är minst 12 månader gammal (var tidigare 6 månader) så kan den utvärderas av uppfödaren eller av uppfödaren utsedd person.
Om hunden är frisk, har ett bra temperament samt motsvarar rasstandarden så kan uppfödaren, och endast uppfödaren, höja hunden till full registrering.

Ägaren har då ett speciellt utvärderingsformulär från ISWS som uppfödaren måste skriva under, sen tillkommer det dessutom en avgift när ISWS registrerar om hunden till full status.
Men nu är vi  bara halvvägs… Hunden måste dessutom ha en DNA-profil som kontrollerats mot sina föräldrar innan registrering av avkomma kan ske.

Testet för DNA-profilen administreras av ISWS. ISWS har ett avtal med UC Davis’ Veterinary Genetics Lab (VGL) och samtliga tester görs genom detta labb.

Det hör till saken att de stora labben har patenterat vissa DNA-markörer för egen räkning. Att jämföra en DNA-profil från ett labb med profilen från ett annat labb är som att jämföra äpplen och päron, dom använder oftast inte samma markörer. Man ska också hålla i minnet att det som kartläggs vid DNA-profilering är en mycket liten men klart bestämd del av hundens DNA. Faktum är att de markörer man använder ofta kommer från de delar av DNA som man ofta kallar ”skräp-DNA”. Skräp-DNA tycks vara en massa genetiskt material som hänger med hos alla levande varelser  utan att forskarna lyckats klarlägga om det faktiskt fyller en funktion. Profilernas markörer kommer i vilket fall som helst inte från någon gen som t ex bestämmer färg, storlek eller något annat som hade kunnat vara trevligt att kunna utläsa direkt från hundens DNA-profil 🙂

Från början gjordes alla DNA-profiler för Silken Windhounds av MMI Genomics.
För att underlätta ett eventuellt framtida erkännande av rasen av AKC beslöts att byta till samma laboratorium som AKC använder, d v s UC Davies.

Det var inte en helt lätt procedur. Samtliga prov och resultat överfördes från det första labbet till det andra.
Markörerna var inte identiska så  de redan testade hundarnas profiler måste översättas till det nya labbets system.
Givetvis fick klubben betala för detta.

De tidigaste testen hos MMI Genomics gjordes med 10 markörer. För en extra kostnad kunde man utöka testet till 17 markörer.
De Silken Windhounds som fötts hos svenska Starcastle Hounds har alla detta utökade markörtest i så många generationer bakåt som varit möjligt att testa alls.

Det test som utförs för närvarande hos UC Davies har ännu fler markörer ändå,  som standard. Ju fler markörer som används desto säkrare är testet.

Med enbart 10 markörer kan det vara svårt att helt utesluta  en av två närbesläktade hanar om t ex både far och son eller två kullbröder misstänks ligga bakom samma kull.
Sonen har ju ändå ärvt sina markörer från pappa och med bara 10 markörer så kan båda i värsta fall se ut att stämma med testade valpar.
Har man då många fler markörer så blir det till slut orimligt att 2 närbesläktade hundar stämmer för varenda markör, dom kan stämma överens i många men har man över 20 markörer så blir det skillnader och då kan man avgöra exakt vem som är far. Mödrar är ju sällan något bekymmer för man vet ju som regel vilken tik som fått kullen 🙂

ISWS började tidigt med DNA-profiler, redan då stamboken stängdes år 2000 fanns kravet på DNA-profiler.
Sedan dess har fler raser runt om i världen följt oss i spåren. Det handlar då som regel om numerärt små raser och/eller raser som är nya inom en viss kennelklubb.
Speciellt i USA är det alltmer vanligt.

Hittills, fram till 31 december 2010 så har inte mindre än 540.000 DNA-profiler registrerats hos AKC, Amerikanska Kennelklubben t ex.

Sannolikt är Silken Windhound fortfarande den enda ras i världen där hela stamboken ända bak till Founders är DNA-profilerad, vilket också betyder att vår stambok är absolut till hundra procent korrekt och förmodligen den enda stambok som är just det. Vi är i alla fall övertygade om att DNA-profiler är ett mycket bra redskap för att säkerställa stambokens trovärdighet.